Die Errichtung der Universität erfolgte in der Welle der ostmitteleuropäischen Universitätsgründungen im 14. Jh. Nach der Entstehung der von Kaiser Karl IV. von Luxemburg (1346-1378) gegründeten Prager Universität (1348) wurden beinahe gleichzeitig drei weitere Universitäten errichtet: im Jahre 1364 in Krakau, 1365 in Wien, und schließlich 1367 in Pécs.
Bei der Entstehung bzw. Errichtung der Universität spielte der Bischof von Pécs, Wilhelm von Koppenbach entscheidende Rolle, was sich auch in der Auswahl des Universitätssitzes zeigte. Der aus der Pfalz stammende Kleriker stand seit 1358 in Ludwigs I. von Anjou Dienste: er stand dem König als Diplomat, Reichsrat, Geheimkanzler und Kapellengespan (1358-1374) zur Verfügung. Während seiner kirchlichen Laufbahn war er Pfarrer von Bergzabern, Propst von Csázma und Eger/Erlau, dann Bischof von Pécs (1361-1374).
Im Hintergrund der Universitätsgründung verbirgt sich eine Anforderung, die denjenigen gestellt wurde, die in der königlichen Diplomatie dienten: sie mussten kirchenrechtliche Kompetenzen besitzen, um sich an den diplomatischen Verhandlungen zu beteiligen. Bischof Wilhelm leitete sowohl als geheimer Kanzler als auch als Oberhaupt der königlichen Kapelle das königliche diplomatische Korps, daher war er am besten imstande, die Vorteile des Vorhandenseins einer inländischen Universität zu erkennen. Die Errichtung der Universität bedurfte natürlich auch der Zustimmung des Königs, aber die hierbei gespielte Rolle des Königs ist bloß als förmliche Voraussetzung für das am Heiligen Stuhl geführte kanonische Verfahren zu betrachten. Die entscheidende Rolle des Prälaten bei der Universitätsgründung lässt sich ferner auch an seinem Anteil an der Vergütung der Professoren bestätigen.
Das Studium Generale von Pécs hat die Aufbaustruktur der Universität von Padua übernommen. Der jeweilige Bischof der Stadt führte die Universität als Kanzler. Er übte die Amtsgewalt über den Studenten und den Professoren aus. Nach den bestandenen Prüfungen vergab er die akademischen Grade den Promovenden.
In der Forschung wurden Versuche gemacht, das Vorhandensein der Universität von Pécs entweder bis in die Mitte des 15. Jh. oder sogar bis zum Jahre 1543 auszudehnen. Es scheint dennoch sicher zu sein, dass die sehr stark mit Bischof Wilhelm von Koppenbach verbundene Universität nach dem Tode des Gründers unterzugehen begann. Galvano di Bologna, der bedeutendste Professor der Universität, verließ Pécs und lehrte ab 1374 wieder in Italien. Bischof Valentin Alsáni von Pécs war noch als Universitätskanzler tätig, aber höchstwahrscheinlich löste sich die Universität während seines Pontifikats irgendwann in den 1390er Jahren auf. Sicherlich war keine Universität mehr in Pécs vorhanden, als im Jahre 1395 die Universität von Óbuda (Altofen) gegründet wurde.
Als Ergebnis der 1967 im Dombereich begonnenen archäologischen Ausgrabungen konnte zusammen mit der Kapelle der Goldenen Maria auch ein Gebäude zwischen der Burgmauer und dem Dom freigelegt werden, , das im 11-14. Jh. als Bischofsresidenz fungierte. Das Gebäude wurde zuletzt in der zweiten Hälfte des 14. Jh. umgebaut. Im Laufe der von Mária G. Sándor und Győző Gerő geführten Ausgrabungen wurde der Wappen von Bischof Wilhelm von Koppenbach freigelegt, wodurch auch belegt werden konnte, dass der Bauherr der an der Universitätsgründung beteiligte Bischof Wilhelm gewesen ist, der anlässlich der Errichtung der Universität den früheren Bischofspalast umgebaut haben soll.
